1911年秋天，內地爆發了辛亥革命，推翻了統治中國的滿清封建王朝，建立了中華民國。中華民國成立後，馬上宣布是漢、慢滿、蒙、回、藏等民族融為一體的共和國。 1912年1月1日，中華民國第一任臨時大總統孫中山在就職宣言書中向全世界宣布，中華民國的國旗——五色旗象徵著漢、滿、蒙、回、藏五族為一體。後來，中華民國臨時參議院還頒布了《中華民國臨時約法》。它是民國的第一部憲法，其中明確規定了西藏是中華民國不可分割的一部分。
同年8月，為組建中華民國第一屆國會，中華民國政府頒布了《中華民國國會組織法》和《中華民國國會議員選舉法》，制定了西藏地方民眾參加國會選舉的辦法以及被選舉為議員直接參政的方案。 1927年，國民黨在南京組建國民政府，4年之後召開國民會議，十三世達賴喇嘛和班禪額爾德尼均派代表參加了國會。這次國民會議制定了中華民國訓政時期約法，大綱中規定，西藏是中華民國的領土。後來，西藏地方政府和班禪額爾德尼行政機構的代表還參加了南京國民政府此後召開的國民大會。
在民國期間，中央政府照常對西藏地方的治理，並在1912年設立蒙藏事務局，取代清朝的理藩院，負責管理西藏地方事務，同時任命了中央駐藏辦事長官，取代清朝駐藏大臣。南京國民政府成立後，又設立了蒙藏委員會，主管藏族等少數民族地區的行政事宜。 1940年，又在拉薩設立了蒙藏委員會駐藏辦事處作為中央政府在西藏的常設機構管理西藏事務。
按照歷史慣例，達賴喇嘛和班禪額爾德尼以及其他大活佛的轉世，必須得到中央政府的認可和冊封，才能在西藏地方的政治和宗教上獲得合法地位。民國期間，達賴喇嘛和班禪額爾德尼繼續接受民國中央政府的冊封，並多次表示維護祖國統一，擁護民國中央政府。十三世達賴曾對中央政府明確表示希望中國真正和平統一，並公開申明不親英人、不背離中央。九世班禪也曾說過，自己一生的願望就是擁護中央，宣揚佛法，促成五族團結。後來，十三世達賴喇嘛圓寂，西藏地方政府再次向中央呈報。 1940年，時任民國總統的蔣介石特派蒙藏委員會委員長到拉薩察看，並由國民政府主席正式頒布命令，批准拉木登珠為十四世達賴喇嘛。
民國期間，政府還在西藏一些地區進行農事試驗和農業技術推廣工作，試種內地的菜子和芥藍。此後還引進了馬鈴薯、蔥、青菜、白菜、蓮花白、胡萊菔、東萊菔、蕓苔、芥藍菜、法國扁豆、豆莢、法國蘿蔔、黃瓜、諸葛菜、紅蘿、葛筍、菠菜、香菜、南瓜和瓢瓜等，並試種了內地優質的黃豆、花生、紅
苕、冬瓜、苦瓜、香瓜、西瓜、荷葉瓜、金瓜、絲瓜等，可惜的是這些作物均沒有成活。政府在引進蔬菜品種時，還積極引導當地人改進本地蔬菜的種植技術，改良農業和畜牧業，提高常見作物的產量，改善產品質量。
在經濟方面，西藏部分地區也開始開墾荒地，開辦製革廠和金礦，發展工商業，改善交通條件。當時一些地區還種植鴉片，後來地方政府專門出台法律違規禁煙、禁種、剷除菸苗。張貼禁煙佈告，並製定禁煙的具體實施辦法，如封鎖各路口查禁運出外的煙土、焚毀煙膏煙具等。禁煙措施不僅促使當地人民開始換種糧食，也從源頭上製止了毒品的氾濫。
在文教方面，民國政府積極推進邊疆教育實施計劃，開辦了一些國民學校、短期小學、邊民小學和實驗小學等，對提高當地人的文化水平起到了積極作用。
