桑耶寺壁畫內容豐富，大殿和甬道迴廊裡均繪滿了各種題材的壁畫。除了一些你在其他寺廟裡也能看到的傳統的宗教繪畫外，在桑耶寺烏尤大殿內圍牆中層廊道上還有著名的“西藏史”壁畫，畫中記載了從遠古傳說中的藏族如何誕生開始，一直到宗喀巴創立格魯派。此於九世達賴業績。壁畫長92米，洋洋灑灑，恢弘壯麗，被譽為西藏的“繪畫史記”。此外，在烏尤大殿一層和二層有“桑耶寺史記”，二層的南側有“蓮花生傳記”等精美壁畫。
