桑頂寺位於羊卓雍措湖西南一座險要陡峭的山頂上，屬藏傳佛教噶舉派香巴噶舉支派，是一座有300多年曆史的古老寺廟。據《宗教源流鏡史》記載，由香巴噶舉創始人瓊波南覺的四傳弟子克尊.旬所建。另一說為15世紀初由博東巴.喬列南傑（1375～1451年）所建，為僧尼合住寺院，由當時西藏唯一的女活佛多吉帕姆住持。多吉薩姆女活佛轉世傳承，至今已傳12世。其中，二世女活佛為六世班禪羅桑丹貝益西的侄女，十二世女活佛多吉薩姆德慶曲珍現為西藏自治區政協副主席、全國政協委員、全國人大代表。
該寺18世紀曾有僧尼80名，20世紀初近200人，後不斷減少。女活佛多吉薩姆被認為印度金剛亥母的肉身再現，備受信徒敬仰，寺內供有歷輩多吉薩姆的肉身。寺內主修金剛亥母密法，修煉印度瑜伽密宗。桑頂寺剛修建時只是個小寺，二世多吉薩姆貢噶桑姆在仁蚌巴、雅桑萬戶長和羊卓萬戶長等人的資助下，擴建了桑頂寺。五世多吉薩姆卡居白姆維修和擴建了桑頂寺諸佛堂，並新造了佛像、佛塔等。
